Sequenzierung von Metagenom und Metatranskriptom in Extrakten aus Sedimentproben und Mikrokosmos-Studien

Beschreibung

Gegenstand der Ausschreibung ist die Durchführung von Metagenom- sowie Metatranskriptomsequenzierungen zur taxonomischen wie funktionellen Charakterisierung prokaryotischer Lebensgemeinschaften aus Umwelt- und Mikrokosmosprobe. Die Analysen müssen zur Erreichung der notwendigen Sequenziertiefe mittels Hochdurchsatzsequenzierung unter Verwendung der Illumina Sequenziertechnologie erfolgen. Die Leistung ist dabei in folgende zwei Arbeitspakete unterteilt: Arbeitspaket 1 - Metagenomsequenzierung von total DNA aus Umwelt- und Mikrokosmosproben - Qualitätskontrolle der durch den Auftraggeber (AG) gelieferten DNA-Proben - DNA Fragmentierung der durch den AG gelieferten DNA-Extrakte (total DNA) von insgesamt maximal 160 Proben - Erstellung der Whole-Genome-Sequencing Library aus den Proben - Aufreinigung, Normalisierung und QC der WGS-Library - Anwendung der Methode des bidirektionalen „paired-end sequencing“ (PE) mit 2 x 150 bp und >=50 Mio Reads pro Sample - Bei den gelieferten Daten müssen mindestens 75% der Basen die Qualität Q30 oder besser besitzen. - Die Sequenzrohdaten müssen vom AN in einem vom AG weiterbearbeitbaren Format (FASTQ-Format) geliefert werden und gemäß ihrer Probenzugehörigkeit sortiert sein. - Lieferung der Ergebnisse: maximal 30 Arbeitstage nach Erhalt der Proben Arbeitspaket 2 - Metatranskriptomsequenzierung von total RNA aus Umwelt- und Mikrokosmosproben - Qualitätskontrolle der durch den AG gelieferten Proben - Entfernung von rRNA aus den durch den AG gelieferten RNA-Extrakten (total RNA) von insgesamt maximal 80 Proben - RNA Fragmentierung - cDNA Reverse Transkription der RNA Fragmente - Erstellung der Sequencing Library aus den Proben - Aufreinigung, Normalisierung und QC der Library - Anwendung der Methode des bidirektionalen „paired-end sequencing“ (PE) mit 2 x 150 bp und >=50 Mio Reads pro Sample - Bei den gelieferten Daten müssen mindestens 75% der Basen die Qualität Q30 oder besser besitzen. - Die Sequenzrohdaten müssen vom AN in einem vom AG weiterbearbeitbaren Format (z.B. FASTQ-Format) geliefert werden und gemäß ihrer Probenzugehörigkeit sortiert sein - Lieferung der Ergebnisse: maximal 30 Arbeitstage nach Erhalt der Proben Die vollständige Beschreibung der zu erbingenden Leistungen entnehmen Sie bitte den Vergabeunterlagen